Estados Unidos instala una base militar temporal en Timor Oriental para entrenar a las nuevas fuerzas de defensa que se están creando en la llamada "democracia más joven del mundo". La resistencia a la presencia militar en el Sureste Asiático es importante, pero la amenaza que las milicias indonesas suponen para el gobierno timorense justifica la decisión de EE.UU., sobre todo cuando se busca una excusa para instalar personal militar activo cerca de Corea del Norte y de la población musulmana de Asia.

Tú eres Sam Fisher y te han enviado a la zona. Tu misión no es rescatar los rehenes, sino destruir la documentación de alto secreto que tienen en la embajada antes de que los hombres de Suhadi se apoderen de ella.